10 Tip tentang Bekerja dengan Paket di R - dummies

Salah satu fitur R yang sangat menarik adalah koleksi berisi paket pihak ketiga (koleksi fungsi dalam format yang didefinisikan dengan baik). Untuk mendapatkan hasil maksimal dari R, Anda perlu memahami di mana menemukan paket tambahan, cara mendownload dan menginstalnya, dan cara menggunakannya.

Menggambar di sekitar sudut dan celah CRAN

Jaringan Arsip Ringkas Komprehensif (RAN) adalah jaringan server web di seluruh dunia di mana Anda dapat menemukan kode sumber R, manual dan dokumentasi R, dan paket kontribusi.

CRAN bukan satu situs web; Ini adalah kumpulan server web, masing-masing memiliki salinan identik dari semua informasi tentang CRAN. Dengan demikian, setiap server web disebut cermin . Idenya adalah Anda memilih cermin yang terletak paling dekat dengan tempat Anda berada, yang mengurangi lalu lintas internet jarak jauh internasional atau jarak jauh. Anda bisa menemukan daftar mirror CRAN di sini.

Terlepas dari antarmuka R yang Anda gunakan, Anda dapat secara permanen menyimpan cermin CRAN pilihan Anda (dan pengaturan lainnya) dalam file khusus yang disebut. RProfile, terletak di direktori home pengguna atau direktori startup R. Misalnya, untuk menetapkan kaca Imperial College, Inggris sebagai cermin CRAN default Anda, sertakan baris ini di komputer Anda. RProfile:

Mencari paket menarik

Pada permulaan dari 2015, ada lebih dari 6.000 paket di CRAN. Itu berarti menemukan sebuah paket untuk tugas Anda di tangan mungkin terasa sulit.

Untungnya, segelintir pakar relawan telah mengumpulkan beberapa paket yang paling banyak digunakan ke dalam daftar curated. Daftar ini disebut tampilan tugas CRAN. Anda dapat menemukan pandangan tugas untuk keuangan empiris, genetika statistik, pembelajaran mesin, pembelajaran statistik, dan banyak topik menarik lainnya.

Setiap paket memiliki halaman web sendiri di CRAN. Pada halaman web untuk sebuah paket, Anda akan menemukan sebuah ringkasan, informasi tentang paket yang digunakan, link ke situs web paket (jika ada situs semacam itu), dan informasi bermanfaat lainnya.

Memasang paket

Untuk menginstal sebuah paket gunakan install. paket () fungsi Perintah sederhana ini mendownload paket dari repositori tertentu (secara default, CRAN) dan menginstalnya pada mesin Anda: >> install. paket ("fortunes")

Perhatikan bahwa argumen untuk menginstal. Paket () adalah string karakter. Dengan kata lain, ingat tanda kutip di seputar nama paket!

Di RGui, dan juga di RStudio, Anda menemukan perintah menu untuk melakukan hal yang sama:

Di RGui, pilih Paket → Install package (s).

Di RStudio, pilih Tool → Install packages …

• Memuat paket

• Untuk memuat paket, Anda menggunakan fungsi library () atau require (). Fungsi-fungsi ini identik dalam pengaruhnya, namun berbeda nilainya:

library ()

:

• Invisibly mengembalikan daftar paket yang terpasang, atau berhenti dengan kesalahan jika paket tidak di mesinmu require () :

• Mengembalikan TRUE jika paket berhasil dilampirkan dan FALSE jika tidak.

  Dokumentasi R menunjukkan bahwa perpustakaan () adalah cara yang lebih disukai untuk memasukkan paket dalam skrip, sementara require () lebih disukai di dalam fungsi dan paket.
  Jadi, setelah menginstal paket keberuntungan, Anda memuatnya seperti ini: >> library ("fortunes")

Perhatikan bahwa Anda tidak perlu mengutip nama paket dalam argumen perpustakaan (), tapi praktik yang bagus untuk selalu mengutip nama paketnya.

Meskipun mungkin untuk membongkar paket dalam sesi R dengan menggunakan fungsi detach (), dalam praktiknya biasanya lebih mudah untuk memulai sesi R Anda.

Membaca manual paket dan sketsa

Manual paket adalah kumpulan semua fungsi dan dokumentasi paket lainnya. Anda bisa mengakses manual dengan dua cara. Cara pertama adalah dengan menggunakan argumen bantuan ke fungsi library ():

>> library (help = "fortunes")

Cara kedua adalah menemukan manual di situs paket. Jika Anda mengarahkan jendela peramban ke halaman CRAN untuk paket keberuntungan, Anda akan melihat link ke manual ke bagian bawah halaman.

Apapun pendekatan yang Anda pilih, hasilnya adalah dokumen PDF yang berisi paket manual.

Beberapa pengarang paket juga menulis satu atau lebih

sketsa,

dokumen yang menggambarkan bagaimana menggunakan paket. Sketsa biasanya menunjukkan beberapa contoh bagaimana menggunakan fungsi dan cara memulai. Kuncinya adalah bahwa sebuah sketsa menggambarkan bagaimana menggunakan paket dengan kode dan keluaran R, sama seperti buku ini.

Untuk membaca sketsa untuk paket kekayaan, cobalah yang berikut ini: >> vignette ("fortunes")

Memperbarui paket Untuk memastikan bahwa Anda memiliki paket versi terbaru, gunakan update. paket (): >> update. paket () Fungsi ini terhubung ke CRAN (secara default) dan memeriksa apakah ada update untuk semua paket yang telah Anda instal pada komputer Anda. Jika ada, ia menanyakan apakah Anda ingin memperbarui setiap paket, lalu mendownload kode dan menginstal versi yang baru.

Jika Anda menambahkan update. paket (ask = FALSE), R memperbarui semua paket usang di lokasi perpustakaan saat ini, tanpa meminta Anda. Selain itu, Anda bisa memberi tahu update. paket () untuk melihat repositori selain CRAN dengan mengubah argumen repos. Jika argumen repos menunjuk ke file di komputer Anda (atau jaringan), R menginstal paket dari file ini.

Baik RGui dan RStudio memiliki pilihan menu yang memungkinkan Anda memperbarui paket:

Di RGui, pilih Paket → Perbarui paket.

Di RStudio, pilih Tools → Periksa Pembaruan Paket …

Kedua aplikasi memungkinkan Anda untuk memilih paket grafis yang akan diperbarui.

Dengan terus maju dengan R-Forge

Meskipun tidak berlaku secara universal, paket CRAN cenderung memiliki tingkat kedewasaan minimum.

Jadi, di mana paket tinggal yang ada dalam siklus pengembangan? Cukup sering, mereka tinggal di R-Forge. R-Forge memberi pengembang sebuah platform untuk mengembangkan dan menguji paket R mereka. Misalnya, R-Forge menawarkan

• Sistem build and check pada sistem operasi Windows dan Linux (Mac OSX tidak didukung)

Kontrol versi

Sistem laporan bug

Backup dan administrasi

Untuk menginstal sebuah proyek dari R-Forge, Anda juga menggunakan install. paket () fungsi, tapi Anda harus menentukan argumen repos. Misalnya, untuk menginstal versi pengembangan data paket. meja, coba yang berikut ini:

>> install. Namun, R-Forge tidak memiliki sistem build dan check untuk Mac OSX secara khusus, pengguna Mac dapat melakukannya. instal dan gunakan paket dari R-Forge dengan menginstal paket sumber. Anda menemukan lebih banyak informasi di FAQ untuk Mac.

• Mendapatkan paket dari github

• Dalam beberapa tahun terakhir, banyak pengembang mulai menggunakan github sebagai situs pengembangan kode. Meskipun github tidak menawarkan fitur R-spesifik CRAN atau R-Forge, terkadang kode lebih mudah untuk dibagi dengan menggunakan github. Jadi terkadang Anda bisa mendapatkan instruksi untuk menginstal paket langsung dari github.

• Pada sistem operasi Linux dan Mac OSX, menginstal paket dari github relatif mudah. Namun, pada Windows Anda juga harus terlebih dahulu menginstal RTools (satu set kompiler dan alat lainnya untuk membangun paket dari sumber). Untuk menginstal RTools pada mesin Windows, ikuti instruksinya dengan saksama.

Melakukan instalasi dari BioConductor

BioConductor adalah gudang dari paket dan perangkat lunak R, kumpulan alat yang mengkhususkan diri dalam analisis data genomik dan data terkait.

BioConductor memiliki seperangkat aturan untuk pengembang. Misalnya, untuk menginstal sebuah paket dari BioConductor Anda harus membuat skrip dari servernya: >> source (" // bioconductor. Org / biocLite. R")

Kemudian Anda dapat menggunakan biocLite () berfungsi untuk menginstal paket dari BioConductor. Jika Anda tidak memberikan argumen, Anda cukup menginstal paket dasar yang diperlukan dari proyek BioConductor.

BioConductor secara ekstensif menggunakan pemrograman berorientasi obyek dengan kelas S4.

Membaca manual R Manual

Petunjuk "R Installation and Administration" adalah panduan komprehensif untuk instalasi dan administrasi R. Bab 6 dari manual ini berisi semua informasi yang Anda butuhkan tentang bekerja dengan paket.